1919 m. Vilniaus kraštą ir Vilnių pradėjus valdyti Lenkijai prasidėjo naujas Vilniaus medicinos draugijos veiklos etapas. 1927 m. papildytas draugijos statutas. Atsirado atskira garbės nario kategorija, praplėstas draugijos finansavimo būdų sąrašas. Draugijos pirmininku išrenkamas garsus Vilniaus chirurgas T. Dembovskis. Susirinkimai vyko reguliariai Universiteto bibliotekoje. Didžiulė Medicinos fakulteto parama intensyvino Draugijos veiklą. 1930 m. jos veikloje dalyvavo 394 gydytojai. Aktyvūs pirmininkai ir nariai buvo A. Januškevičius, K. Michejda, J. Šmurla, S. Tčebinskis, V. Jasinskis, A. Safarevičius, A. Viršubskis.

1925- 1939 m. Draugija leido tęstinį leidinį ,,Pamiętniki Wilenskiego Towarzystwa Lekarskiego” (Vilniaus medicinos draugijos darbai). Pirmasis žurnalo redaktorius ir redakcinės komisijos pirmininkas buvo Janas Šmurla. Profesorius Janas Szmurło iki 1936 m. vadovavo Stepono Batoro universiteto Otolaringologijos katedrai ir klinikai Vilniuje. Jis palaikė otorinolaringologijos kaip atskiros medicinos šakos svarbą ir propagavo idėją paversti ją otorinolaringologija – savarankiška disciplina medicinos mokyklose. Išleido 4 tomų otolaringologijos vadovėlį, kurį 1936 m. apdovanojo Lenkijos mokslo akademija. Nors profesorius Szmurło formaliai išėjo į pensiją, jis vadovavo klinikai iki pat 1938 m. Vėliau profesorius persikėlė į Varšuvos universiteto Histologijos katedrą. Kartu su savo mokiniu B. Dylevskiu tyrė Vilniaus krašto moksleivių balso ir kalbos higienos problemas, pateikė rekomendacijas balso ir kalbos ydų taisymui.
Profesorius pagarsėjo ir savo žmogiškomis savybėmis. II Pasaulinio karo metais jis padėjo išgelbėti žydų mergaitę Basią iš Varšuvos geto. 1942 m. rugpjūtį Basios tėvas Vitoldas Gura kreipėsi pagalbos į savo draugą Kazimierą Krauze siekdamas gauti mergaitei prieglobstį ,,arijų“ šeimoje. Krauzės šeima sutiko slėpti merginą ir jos tėvą. Jie gyveno netoli geto, todėl saugumo sumetimais netrukus Basia buvo perkelta į kitą šeimą. Nors mergina buvo pristatyta kaip giminaitė, kaimynai įtarė, kad ji žydė. Tada mergina jau rūpinosi profesorius Šmurla su dukterimi Marija Janina. Merginos tėvai paeiliui slėpdavosi įvairiose vietose, o Krauzių šeima juos nuolat palaikė. Taip visi jie išgyveno karą.
Vilniaus Medicinos Draugijos Posėdžiuose buvo skaitomi moksliniai referatai, nagrinėjami gydytojų praktikos reikalai, bendradarbiaujama su kitų miestų ir užsienio mokslininkais. 1935 m. Vilniaus Medicinos Draugijos metraštis buvo siunčiamas virš 30 Lenkijos Aukštojo mokslo institucijų, Lenkijos Mokslų akademijai, Vyriausiems Gydytojų rūmams ir kt., bei 23 svarbiausių Lenkijos medicinos krypties žurnalų redakcijoms.
Vilniaus Medicinos Draugijos ir viso to meto Medicinos fakulteto veikloje taip pat pasižymėjo medicinos istorikas ir filosofas, patologas anatomas Stanislovas Tčebinskis. Profesorius buvo pirmuoju nuolatiniu tarpukario laikotarpio Vilniaus medicinos draugijos sekretoriumi ir Vilniaus Medicinos Draugijos redakcinės kolegijos nariu. Profesorius Tčebinskis taip pat prižiūrėjo Vilniaus Medicinos Draugijos archyvą. Susirašinėjo su kitomis Lenkijos ir užsienio draugijomis. Aktyviai dalyvavo Medicinos fakulteto veikloje, prisidėjo formuojant visos Lenkijos medikų rengimo sistemą aukštosiose mokyklose. Pasisakė už aukščiausio lygio žiniomis, nuoseklumu ir tvirtomis moralinėmis vertybėmis grįstą jaunųjų medikų rengimą. Nuo 1926 m. perleidęs patologinės anatomijos dėstymą jaunesniems kolegoms atsidėjo medicinos istorijos ir filosofijos tyrimams. Savo darbuose narinėjo originalius medicinos istorijos ir filosofijos klausimus, šiandien priskirtinus medicinos antropologijos temoms. Daug dėmesio skyrė Vilniaus krašto gydymo kultūrai, gydytojo ir paciento dialogo paieškoms, prietarų ir liaudyje paplitusių mitų dekonstravimui ir kitiems socialiniams medicinos aspektams. Medicinos istorijos srityje daugiausiai koncentravosi į ankstesnio periodo Medicinos fakulteto ir Vilniaus Medicinos Draugijos gydytojų veiklos analizę. Surinko Andriaus Sniadeckio, Jozefo Franko, Felikso Rimkevičiaus ir kitų iškilių Vilniaus gydytojų biografijas.
Ilgamečiu Vilniaus Medicinos draugijos nariu ir Vilniaus Medicinos draugijos metraščio redaktoriumi buvo Vaclovas Jasinskis. 1922 m. pakviestas į Stepono Batoro universiteto Medicinos fakulteto Pediatrijos katedrą. Tuo pat metu ėmėsi Pediatrijos klinikos organizavimo darbų. Nuo 1922 m. ekstraordinarinis Stepono Batoro universiteto profesorius, Vaikų ligų klinikos vadovas. 1924 m. Druskininkuose įkūrė vaikų gydymo koloniją, pavadintą Andriaus Sniadeckio vardu. 1933 m. paskirtas Pediatrijos katedros profesoriumi. 1935–1936 m. Vilniaus medicinos draugijos pirmininkas. Paskelbė per 60 mokslo publikacijų, iš kurių kelias monografijas, taip pat apie 50 straipsnių populiariojoje spaudoje, daugiausia vaikų higienos ir švietimo klausimais. 1936 m. jo ir kitų SBU Medicinos fakulteto mokslininkų darbų pagrindu imtas rengti pirmasis Lenkijoje pediatrijos vadovėlis. Tyrė vaikų amžiui būdingas ligas, vaikų mitybos sutrikimus, kraujo sudėties – kalcio, cukraus kiekio kraujyje – įtaką sveikatai. Priklausė Lodzės, Lvovo, Varšuvos, Vilniaus medikų ir visuomeninėms draugijoms.
Tarp Vilniaus Medicinos Draugijos (VMD) metraščio redaktorių minėtinas ir gydytojas-higienistas Aleksandaras Safarevičius. Pastarojo tyriuose buvo išryškintos svarbiausios Vilniaus mokyklų higienos problemos. Rekomendacijos mokyklų vadovėliams buvo naujos to meto higienos mokslo kontekste. A. Safarevičiaus daktaro disertacija (1924) skirta mokyklų vadovėlių tyrimams buvo antroji šiai problemai skirta studija visoje Lenkijoje.
Savo mokslo darbuose jis aptarė miesto vandentiekio, kanalizacijos, maisto patikros ir kitas fizinės bei socialinės higienos problemas. Mokslininkas pat akcentavo organizuotų gydytojų ir visuomenės pastangų svarbą, išskirdamas miestų savivaldybių (magistratų) sveikatos komisijas kaip institucijas, organiškai dalyvaujančias miesto gyvenime. Higieninė propaganda, anot jo, turi būti įgyvendinama planingai, nuosekliai, kuriant valstybinę politiką, įstatymus, nes žmonės yra linkę vadovautis aiškiais nurodymais; antra vertus, daug dėmesio skiriant piliečių sąmoningumo skatinimui: „Visuomenės sveikatinimas turi būti pačios visuomenės giliai suvokta dorovinė pareiga rūpintis savo ir savo artimųjų sveikata.“ Šį pareigos jausmą žmogui reikėtų įskiepyti jauname amžiuje, nes tada formuojasi pagrindiniai žmogaus įpročiai.
Abi Vilniaus ligoninės: buvusi Naujosios Vilniaus ligoninė taip pat Naujoji Vasaros gatvės ligoninė buvo susijusi Vilniaus Medicinos Draugijos nario ir VMD metraščio redaktoriaus Abraomo Viršubskio asmenybe. Jis dirbo Naujosios Vilnios ligoninėje iki jos likvidavimo, vėliau naujoje ligoninėje Vasaros gatvėje. Viršubskis buvo humanistinės Vilniaus psichiatrijos mokyklos atstovas. Jo bei kolegos Aldolfo Falkowskio darbuose pabrėžiamas humaniškas požiūris į pacientą, siūloma atsisakyti nereikalingų paciento suvaržymų, pabrėžiama pagarba pacientui kaip asmeniui, grįžtama prie P. Pinelio ir J. Conolly idėjų, kaip klasikinių humanistinės psichiatrijos pavyzdžių. Tai padeda paaiškinti ir vėlesnę psichikos ligoninių raidą Vilniuje. 1934 m. įkurtas specialus (80 lovų) pensionas dideliame parke, gamtos apsuptyje Kairėnuose, priminė gražias F. Brouno ligoninės kaip utopijos viziją.