Atkūrus Lietuvos nepriklausomybę, Vilniaus medicinos draugija susirūpino tolesnio gydytojų ruošimo Lietuvoje klausimais. Buvo pakviestas prof. D. Matulionis iš Kentukio universiteto papasakoti apie gydytojų ruošimą JAV, dr. Z. Mackevičius iš Anglijos – apie studentų atranką medicinos studijoms ir kt.
1991–1995 metais Vilniaus medicinos draugijoje buvo nagrinėjama naujai iškilusių grėsmingų ligų diagnostika ir profilaktika. Prof. D. Gaidamonienė skaitė pranešimą apie dabartinę tuberkuliozės situaciją Lietuvoje, doc. A. Ambrozaitis ir doc. K. Žagminas – apie virusinio C hepatito paplitimą, diagnostiką ir profilaktiką. 1994 m. vasario 17 d. posėdyje prof. Ch. Kibarskis savo pranešime nagrinėjo medicininės prognozės problemas, gyd. P. Šerpytis – ūminio miokardo infarkto ir pažeistų vainikinių kraujagyslių praeinamumo atstatymo klausimus, prof. Irena Balčiūnienė apie stomatologijos naujoves. 1995 m. sausio 19 d. posėdis buvo skirtas infekcinės mononukleozės problemoms (pranešimo autorės I. Narkevičiūtė, D. Kalėtinienė ir V. Popendickytė) bei vaikų skiepijimų klinikiniams tyrimams (pranešėjas prof. V. Usonis). Pranešimai sukėlė daug diskusijų, išvados pateiktos Vilniaus miesto sveikatos apsaugos skyriui.
Kitų posėdžių temos: antimikrobiniai preparatai klinikinėje praktikoje (2001 m.), naujos diagnostinės technologijos medicinoje, veninių trofinių opų genezė ir šiuolaikiniai gydymo būdai (2002 m.), pilvo traumos, ambulatorinės kataraktos chirurgijos įdiegimas Vilniaus mieste (2004 m.) ir daugelis kitų gvildentų temų aprašyta Vilniaus medicinos draugijos knygoje. Susitikimas su kunigu profesoriumi Andriumi Narbekovu buvo skirtas mediko ir paciento dialogui (2005 m.), aptarta skubios medicinos pagalbos būklė Vilniaus mieste (2007 m.). Posėdis, pašvęstas moderniajai kraujagyslių chirurgijai Lietuvoje (2010 m.), apžvelgė šios srities raidą nuo senojo Vilniaus universiteto iki šių laikų.
1977 m. Draugijos pirmininko profesoriaus Salezijaus Pavilonio siūlymu buvo įsteigta kasmetinė Vilniaus medicinos draugijos premija už geriausią metų mokslo darbą, įdiegtą į praktiką. Premija ir diplomas, paruoštas žinomos dailininkės Ramūnės Vėliuvienės, įteikiamas kasmet. Jau yra įteikti 34 diplomai ir premijos už geriausius mokslo darbus, 67 garbės raštai už vertingus mokslo darbus.
2008 m., minint 100-ąsias Vilniaus universiteto profesoriaus, įžymaus Lietuvos higienisto ir Vilniaus medicinos draugijos veikėjo prof. Vlado Kviklio metines, buvo įteikta jo sūnaus Lietuvos muzikos ir teatro akademijos docento Gedimino Kviklio iniciatyva įsteigta premija ir diplomas už geriausią higienisto mokslo darbą. 2008–2010 m. įteikti 3 diplomai ir premijos (prof. R. Stukui, dr. R. Sketerskienei, doc. G. Šurkienei).
Vilniaus medicinos draugija specialiais posėdžiais pažymėdavo svarbiausius su jos veikla susijusius įvykius ir narių jubiliejus. 1821 m. paminėta E. Dženerio (Edward Jenner) 70 metų sukaktis, 1859 m. gydytojo J. Kovalskio, globojusio Adomą Mickevičių, 50-ties metų darbo sukaktis, 1872 m. – ilgamečio Vilniaus medicinos draugijos pirmininko profesoriaus A. F. Adamovičiaus 50 metų gydytojo darbo sukaktis, 1890 m. – Vilniaus medicinos draugijos garbės pirmininko Julijono Ticijaus 50 darbo metų sukaktis ir t.t.
Ši tradicija tęsiama. 1981 m. iškilmingai minėtas Vilniaus universiteto Medicinos fakulteto 200 metų jubiliejus (sukurtas medalis – dailininkas V. Repšys ir gydytojas E. Kunevičius). Minėtos sukaktys, rengtos parodos: prof. S. Pavilonio, prof. P. Čibiro, prof. J. Lelio, prof. Ch. Kibarskio, prof. A. Pronckaus, prof. P. Norkūno, prof. A. Dirsės, prof. P. Šimulio, dr. D. Alseikos, prof. J. Meškausko, doc. P. Baublio. Profesorių – P. Norkūno, L. Laucevičiaus, V. Kviklio, S. Čepulio 100-ųjų gimimo metinių proga išleistos knygos ir straipsnių rinkinys (jau necenzūruotas) apie visas Vilniaus medicinos draugijas ,,Vilniaus medicinos draugija 1805–1998“.
Nuo 1999 m. Vilniaus medicinos draugija tapo žurnalo ,,Medicinos teorija ir praktika“ leidėju, žurnale be mokslinių straipsnių, talpinami ir istoriniai Vilniaus medicinos draugijos straipsniai.
Iškilmingai tarptautine konferencija 2005 metais pažymėta 200 metų Vilniaus medicinos draugijos sukaktis. Šiai datai skirtas specialus leidinys. Organizuotos istorinės parodos Vilniaus universiteto bibliotekos Baltojoje salėje ir Lietuvos medicinos bibliotekoje.
Vilniaus medicinos draugija už tradicijų puoselėjimą apdovanota Vilniaus miesto aukščiausiu apdovanojimu – Šv. Kristoforo statulėle.
Vilniaus medicinos draugija remia Medicinos fakulteto Studentų mokslinės draugijos (SMD) veiklą. SMD reiškia padėkas Vilniaus medicinos draugijai.
Vilniaus medicinos draugija šiuo metu vienija 16 specialiųjų medicinos draugijų ir nuolat veikia laikydamasi savo šūkio – ,,Tarnauti mokslui ir gimtajam kraštui“.